Secondo l'art. 99 del D.Lgs. 267/2000 il sindaco e il presidente della provincia nominano il segretario, scegliendolo tra gli iscritti all'albo nazionale dei segretari comunali e provinciali. La nomina ha durata corrispondente a quella del mandato del sindaco o del presidente della provincia che l'ha effettuata. Il segretario cessa automaticamente dall'incarico con la cessazione del mandato del sindaco e del presidente della provincia, continuando ad esercitare le funzioni sino alla nomina del nuovo segretario. La nomina è disposta non prima di 60 giorni e non oltre 120 giorni dalla data di insediamento del sindaco e del presidente della provincia, decorsi i quali il segretario è confermato.
Il segretario può essere revocato con provvedimento motivato del sindaco o del presidente della provincia, previa deliberazione della giunta, per violazione dei doveri d'ufficio (art. 100 del D.Lgs. 267/2000).
Secondo l'art. 98 del D.Lgs. 267/2000) l'albo nazionale dei segretari comunali e provinciali è articolato in sezioni regionali. L'iscrizione all'albo è subordinata al possesso dell'abilitazione concessa dalla Scuola superiore per la formazione e la specializzazione dei dirigenti della pubblica amministrazione locale ovvero dalla sezione autonoma della Scuola superiore dell'amministrazione dell'interno. Al relativo corso si accede mediante concorso nazionale a cui possono partecipare i laureati in giurisprudenza, scienze politiche, economia.
Secondo l'art. 14 del DPR 4-12-1997, n. 465 i segretari comunali in servizio da almeno quattro anni sono ammessi al corso di specializzazione e alle relative prove selettive per il conseguimento dell'idoneità a segretario generale, che svolge le funzioni in comuni con popolazione superiore a 10.000 abitanti. I segretari in servizio, decorsi tre anni dalla data della nomina a segretario generale, sono ammessi al corso di specializzazione e alle relative prove selettive per il conseguimento dell'idoneità a segretario generale di prima classe, che svolge le funzioni in comuni con popolazione superiore a 65.000 abitanti, comuni capoluogo di provincia e province.